合同到期离职时，以下特殊情况可能影响工资扣减的认定及处理：
1. 合法违约金条款：若合同明确约定员工到期不续签需支付合法违约金（如服务期或竞业限制），单位可从工资中扣除，但扣除后工资不得低于最低工资标准，此时扣减合法。
2. 重大经济损失未赔偿：如员工离职前因操作失误致设备损坏（维修费用万元）且未协商赔偿，单位可依据《工资支付暂行规定》第十六条，每月从工资中扣减不超过当月工资20%的赔偿款，员工需承担相应责任。
3. 协商延期支付工资：若单位因疫情等不可抗力经营困难，与员工协商一致暂缓支付部分工资并签书面协议，到期未支付不属于“无故克扣”，员工需按协议主张权利。
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合同到期离职时，工资被扣可能面临以下法律风险：
1. 证据链不足风险：如仅能提供劳动合同，无法提供工资条、考勤记录或扣工资书面通知，仲裁或诉讼中难以证明被扣事实及金额，可能维权失败。
2. 超仲裁时效风险：例如2023年1月合同到期离职，3月发现被扣5000元工资，直至2024年2月才申请仲裁，已超一年时效，仲裁委员会可能不予受理或驳回请求。
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关于“合同到期离职要扣工资吗”，可依据法律明确答案：
根据《中华人民共和国劳动法》第五十条：“工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人。不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。”合同到期离职时，员工完成工作交接且无违约或损失情形的，单位扣工资属于“克扣”，违反该法条。《中华人民共和国劳动合同法》第八十五条进一步规定，单位未足额支付劳动报酬的，劳动行政部门可责令限期支付，逾期不支付需加付赔偿金。因此，无合法扣减情形时，员工有权要求支付被扣工资。
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合同到期离职是否扣工资需具体判断：
1. 无合法理由扣减：如仅因员工不愿续签合同就扣工资，属于违法，员工有权要求足额支付剩余工资。
2. 未完成工作交接致损失：若员工未按规定办理交接造成实际损失，单位可依据合同或规章制度在合理范围内扣除赔偿款，但剩余工资不得低于最低工资标准。
3. 未结清债务情形：员工离职时若有未结清借款、赔偿款等，且双方事先有明确约定，单位可从工资中扣除相应款项，但需提供充分债务证据。

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