在职申请劳动仲裁后，员工仍可依法申请离职，且离职不影响仲裁权利。
在职申请劳动仲裁后，员工可正常按法定或约定流程申请离职，离职不影响已启动的仲裁程序。

1. 若用人单位无违法情形：员工可提前30日以书面形式通知用人单位（试用期提前3日），到期即可办理离职手续，无需用人单位批准，仲裁程序可继续推进。
2. 若用人单位存在《劳动合同法》第三十八条规定的违法情形（如未及时足额支付劳动报酬、未依法缴纳社保等）：员工可立即提出解除劳动合同，无需提前通知，并可在仲裁中主张经济补偿金。
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在职申请劳动仲裁后申请离职，可能存在潜在法律风险，需提前防范。
1. 经济补偿金主张失败风险：例如，员工在职时因用人单位拖欠工资申请仲裁，后以“个人原因”提交离职申请，未提及拖欠工资的事实。仲裁中用人单位以离职理由为个人原因为由抗辩，法院可能因员工未依据《劳动合同法》第三十八条主张解除，驳回经济补偿金请求。
2. 被用人单位反诉赔偿的风险：例如，员工在职申请仲裁后，未提前通知直接离职，导致用人单位项目停滞产生10万元损失。用人单位在仲裁中提起反诉，要求员工赔偿该损失，若用人单位能证明损失与员工擅自离职存在直接因果关系，员工可能需承担部分赔偿责任。
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在职申请劳动仲裁后申请离职的合法性，可依据《劳动合同法》和《劳动争议调解仲裁法》的相关规定进行分析。
《中华人民共和国劳动合同法》第三十七条规定：“劳动者提前三十日以书面形式通知用人单位，可以解除劳动合同。劳动者在试用期内提前三日通知用人单位，可以解除劳动合同。”第三十八条明确了劳动者可立即解除劳动合同的情形，如用人单位未及时足额支付劳动报酬、未依法为劳动者缴纳社会保险费等。《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》第二十七条规定，劳动关系存续期间因拖欠劳动报酬发生争议的，劳动者申请仲裁不受一年时效限制；劳动关系终止的，应自终止之日起一年内提出。在职申请仲裁后，员工按法定流程离职，属于合法行使解除权，且离职后仲裁程序仍可继续，仲裁请求（如工资、经济补偿等）不受离职影响。综上，在职申请仲裁后，员工可依法申请离职，离职不阻断仲裁权利。
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在职申请劳动仲裁后申请离职，存在一些特殊情况会影响处理方式，需特别关注。
1. 离职申请中包含“放弃仲裁权利”条款：若用人单位在离职协议中要求员工签署“放弃所有劳动争议仲裁权利”的条款，该条款可能因排除员工主要权利而无效，但需结合条款具体表述、员工是否系自愿签署等因素判断。若员工签署此类条款，可能需通过诉讼确认条款无效才能继续仲裁，增加维权成本。
2. 仲裁期间用人单位提出协商解除：若用人单位在员工申请仲裁后主动提出协商解除劳动合同，并承诺支付部分补偿，员工需评估补偿金额是否覆盖仲裁请求、协商内容是否明确（如是否包含未结工资、社保补缴等）。若协商解除后发现用人单位未履行承诺，需重新启动仲裁或诉讼，可能延长维权周期。

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